Di SMK 1 Temon, jurusan nautika kapal penangkapan ikan (NKPI) mulai dibuka 2004. Pihak pemerintah daerah sengaja membuka jurusan tersebut karena memiliki wilayah dekat pantai. Minimnya teknologi penangkapan ikan membuat potensi Laut Selatan belum tergarap optimal. Meski kaya dengan kekayaan laut di sepanjang pesisir selatan, pemanfaatan laut baru mencapai 30 persen. Hasil perikanan tangkap tidak maksimal karena kendala teknologi dan minimnya prasarana infrastruktur.
Jurusan NKPI mencetak pelaut tangguh yang siap bekerja pada perusahaan-perusahaan penangkap ikan. Hampir 95 persen lulusan SMKN 1 Temon bisa langsung kerja setelah lulus. Sisanya 5 persen melanjutkan sekolah dan berwiraswasta. Besarnya peluang kerja membuat animo NKPI terus melonjak.
         Idealnya sekolah memang memiliki kapal bertenaga besar untuk kepentingan praktik. Namun, sampai sekarang hal itu belum terealisasi. Oleh karena itu, untuk praktik-praktik skala besar, banyak yang magang di perusahaan-perusahaan penangkap ikan di sejumlah kota seperti Bali, Pati, Pekalongan, dan Batang.
           Dalam keseharian, SMK 1 Temon menerapkan budaya pendidikan ala militer. Misalnya, tentang penggunaan seragam sampai model potongan rambut. Secara khusus sekolah tersebut memang bekerja sama dengan TNI Angkatan Laut, khususnya dalam bidang pembinaan kedisiplinan.

Adapun Keunggulan Program Keahlian Nautika Kapal Penangkap Ikan atau Nautika Perikanan Laut, adalah sebagai berikut:
1. Memiliki peluang kerja yang sangat luas sehingga lulusan di harapkan akan mudah memperoleh kerja.
2. dekat dengan Pantai Selatan, hal ini bisa di manfaatkan untuk tempat praktek Pengenalan Kelautan.
3. Program keahlian ini merupakan program satu-satunya yang ada di Kabupaten Kulon Progo.